植物系统发育与生物地理学  061M5009H

学期:2017—2018学年(春)第二学期 | 课程属性:专业普及课 | 任课教师:汪小全,王宇飞,王伟
授课时间: 星期三, 第5、6、7节
授课地点: 教2-127
授课周次: 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16
授课时间: 星期三, 第5、6、7节
授课地点: 教2-127
授课周次: 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16
课程编号: 061M5009H 课时: 40 学分: 3.0
课程属性: 专业普及课 主讲教师:汪小全,王宇飞,王伟
英文名称: Plant Phylogeny and Biogeography

教学目的、要求

通过课程学习,了解:1)植物的进化历史和各大类群间的进化关系;2)植物地理分布格局的形成过程;3)生命之树重建的原理、方法和进展;4)生物类群间分化时间的分子钟度量。本课程为研究生创建一个从大学知识学习到研究所实际研究之间过渡的平台,希望研究生从被动听课转到主动学习,参与课堂讨论,达到教学相长目的。

预修课程

预修课程: 植物学、遗传学、自然地理            
授课对象: 学习过普通生物学和植物学课程的研究生

教 材

主要内容

第一章	植物系统发育与生物地理学简介(3学时;教师:汪小全)
1.1	 系统发育与生物地理学的研究历史
1.2	 系统发育与生物地理学研究的意义和主要研究内容
1.3	 系统发育与生物地理学的研究动态
第二章 植物进化的化石证据
第一节  化石植物的研究基础 (9学时;教师:王宇飞)
1.1.	化石研究必备的生物学与地质学基础概论
1.2.	地球生物演化的阶段论
1.3.	地球地质历史时期的时间观—地质年代表
1.4.	地球地质历史时期的空间观—大陆漂移与板块构造运动论
1.5.	人类对化石的认识历史
1.6.	化石的由来、埋藏、沉积、形成过程和保存状况分类及相应的各类研究方法
1.7.	植物界的进化历程
1.8.	植物各大类群的特征及其生活史
第二节  化石植物研究与系统发育重建 (3学时;教师:王宇飞)
2.1.  系统发育与个体发育的区分与联系
2.2.  植物界各大类群系统发育的化石证据
2.3.  研究案例分析与讨论
第三节  化石植物研究与古气候重建 (3学时;教师:王宇飞)
3.1.  全球古气候变化的研究历史和现状
3.2.  生物气候学的原理与方法
3.3.  研究案例分析与讨论
第三章 植物生命之树及其重建
第一节  生命之树重建的原理和方法 (6学时;教师:王伟)
1.1	概论和术语
1.2	系统发育重建的方法
1.3	拓扑结构统计检验
1.4	多基因联合分析
1.5	分子系统发育分析的流程
1.6	实例
第二节	类群间分化时间的分子钟度量(3学时;教师:王伟)
2.1	概论和术语
2.2	校正点的选择与放置
2.3	BEAST
第三节  陆地植物的系统发育研究进展(3学时;教师:王伟)
3.1	陆地植物大尺度系统发育研究进展
3.2	陆地植物大类群的起源与分化
3.3	陆地植物系统发育的未来研究方向
第四章 历史生物地理学(6学时;教师:汪小全)
第一节  研究方法与主要假说
第二节  分子生物地理学研究进展
第三节  谱系生物地理学
第五章 植物系统发育与生物地理学综合研究(3学时;教师:汪小全)

教学方式:课堂授课; 考核方式:闭卷考试

参考文献

Hall BG. 2011. Phylogenetic Trees Made Easy: A How-To Manual, Fourth Edition. Sinauer Assoc., Sunderland, MA.
Judd WS et al. 2007. Plant Systematics: A Phylogenetic Approach, Third Edition. Sinauer Assoc., Sunderland, MA.
Lemey P, Salemi M, Vandamme AM. 2009. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Edition. Cambridge University Press, Cambridge.
Taylor TN, Taylor EL, Krings M. 2009.  Paleobotany: The Biology and Evolution of Fossil Plants. Academic Press.