真菌系统学及进化生物学-下  061M5018H

学期:2017—2018学年(春)第二学期 | 课程属性:专业普及课 | 任课教师:刘杏忠,赵瑞琳,尹文兵,魏江春,蔡磊
授课时间: 星期四, 第5、6节
授课地点: 教2-421
授课周次: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16
授课时间: 星期二, 第3、4节
授课地点: 教2-421
授课周次: 3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16
课程编号: 061M5018H 课时: 30 学分: 2.0
课程属性: 专业普及课 主讲教师:刘杏忠,赵瑞琳,尹文兵,魏江春,蔡磊
英文名称: Fungal systematics and evolutionary biology-II

教学目的、要求

真菌是与动物和植物平行的一个真核生物界(Kingdom Fungi),是自然生态系统中的主要生命组分,估计总物种数达150万种,是仅次于昆虫的第二大生物类,真菌在地球生物圈的发育、演化、物质与能量循环、生态环境恢复中具有不可替代的作用,对人类的工农业生产、生活及健康有着巨大的影响。本课程从生态与进化的阐述真菌系统学及进化生物学方面的基本问题和应对全球经济可持续发展、环境保护、人类健康等社会重大需求方面,讲解真菌学研究的最新进展,介绍真菌学研究在解决基本生物学和人类社会面临的诸多难题方面所做出的贡献和潜力,开拓学生的学术视野,激发学生对真菌学研究的兴趣。

预修课程

微生物学

教 材

Jens H. Petersen, 2013. The kingdom of Fungi. Princeton, NJ: Princeton Univ. Press

主要内容

第一部分 真菌生态及生理生化 (4学时,教师:赵瑞琳,尹文兵)
1 真菌生态及多样性
1.1 真菌生存策略(腐生、寄生、共生等)
1.2 真菌多样性

2真菌生理生化
2.1 真菌营养
2.2 环境条件对真菌影响
2.3 真菌初级代谢
2.4 真菌次级代谢
2.5 真菌的生化基础

第二部分 真菌起源与进化  (10学时,教师:刘杏忠,尹文兵)
3 真菌的起源与生物界系统发展 
      3.1 真菌的起源
      3.2 生物的分界

4 真菌遗传学
4.1 真菌遗传简介
4.2 真菌遗传学研究历史
4.3 真菌遗传学研究进展
4.4真菌遗传学研究方法组学研究方法

5 真菌物种形成
5.1 群体遗传学
5.2 群体基因组学
5.3 物种形成与演化机制

6 真菌的系统发育
6.1 真菌系统发育
6.2 真菌系统发育分析方法

7 真菌进化生物学 
7.1 真菌生命树计划
7.2 真菌基因组进化
7.3 真菌进化机制

第三部分 真菌组学 (10学时,教师:尹文兵,刘杏忠)
8 真菌组学

9 真菌代谢组学及合成生物学

10 真菌学研究展望
10.1物种形成及适应性进化
10.2真菌多样性维持机制
10.3真菌细胞学
10.4应用真菌学

11 真菌系统学与进化生物学研究进展(外请报告)

结语  (2学时,教师:刘杏忠,讨论课/文献汇报)
诺维信公司、微生物研究所 (2学时,教师:刘杏忠)
考试(2学时)

教学方式:80 % 课堂授课+ 20 % 研讨/实习/论文
考核方式:课后作业(20 %)+ 考勤(10 %)+课堂笔记(10 %)+ 闭卷考试(60 %)

参考文献

1.	Hibbett DS & Taylor JW. Fungal systematics: is a new age of enlightenment at hand?Nature Review of Microbiology 10: 118-133, 2013
2.	Fisher MC et al. Emerging fungal threats to animal, plant and ecosystem health. Nature 474:176-184, 2011
3.	Costello MJ et al. Can we name earth’s species before they go extinct? Science 338:413-6, 2013
4.	The Marie Curie SPECIATION Network. What do we need to know about speciation? Trends in Ecology and Evolution 27:27-38, 2011
5.	Rosling A et al. Archaeorhizomycetes: unearthing an ancient class of ubiquitous soil fungi. Science 333: 776–778, 2010
6.	Jones MD et al. Discovery of novel intermediate forms redefines the fungal tree of life. Nature 474: 200–203, 2010.
7.	Mora C et al. How many species are there on earth and in the ocean? PLoS Biology 8(7): e901027, 2010.
8.	Blackwell M. The Fungi: 1, 2, 3 … 5.1 million species? America Journal of Botany 87: 426–437, 2010
9.	Hawksworth DL, ••• Bai FY, ••• Cai L, ••• Liu XZ et al. The Amsterdam declaration on fungal nomenclature. IMA Fungus 2: 95–102, 2010
10.	Schoch CL, •••Fungal Barcoding Consortium (…Bai FY,…Cai L,… Zhuang WY). Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 98: 6241–6246, 2011第一部分 真菌生态及生理生化 (4学时,教师:赵瑞琳,尹文兵)
1 真菌生态及多样性
1.1 真菌生存策略(腐生、寄生、共生等)
1.2 真菌多样性

2真菌生理生化
2.1 真菌营养
2.2 环境条件对真菌影响
2.3 真菌初级代谢
2.4 真菌次级代谢
2.5 真菌的生化基础

第二部分 真菌起源与进化  (10学时,教师:刘杏忠,尹文兵)
3 真菌的起源与生物界系统发展 
      3.1 真菌的起源
      3.2 生物的分界

4 真菌遗传学
4.1 真菌遗传简介
4.2 真菌遗传学研究历史
4.3 真菌遗传学研究进展
4.4真菌遗传学研究方法组学研究方法

5 真菌物种形成
5.1 群体遗传学
5.2 群体基因组学
5.3 物种形成与演化机制

6 真菌的系统发育
6.1 真菌系统发育
6.2 真菌系统发育分析方法

7 真菌进化生物学 
7.1 真菌生命树计划
7.2 真菌基因组进化
7.3 真菌进化机制

第三部分 真菌组学 (10学时,教师:尹文兵,刘杏忠)
8 真菌组学

9 真菌代谢组学及合成生物学

10 真菌学研究展望
10.1物种形成及适应性进化
10.2真菌多样性维持机制
10.3真菌细胞学
10.4应用真菌学

11 真菌系统学与进化生物学研究进展(外请报告)

结语  (2学时,教师:刘杏忠,讨论课/文献汇报)
参观标本馆 (2学时,教师:刘杏忠)
考试(2学时)