Perl编程与生物信息学应用  061M6011H

学期:2017—2018学年(春)第二学期 | 课程属性:专业研讨课 | 任课教师:焦远年
授课时间: 星期五, 第5、6、7节
授课地点: 学3-257(机房)
授课周次: 7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22
授课时间: 星期五, 第5、6、7节
授课地点: 学3-257(机房)
授课周次: 7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22
课程编号: 061M6011H 课时: 21 学分: 1.0
课程属性: 专业研讨课 主讲教师:焦远年
英文名称: Perl programing and applied bioinformatics

教学目的、要求

这个课程的目的是让生物信息学方向初学者了解Perl语言编程及其在生物信息学领域的应用。生物信息学是一个集成了生物学、数学和计算机科学的新兴学科,而Perl语言是一种在生物信息学研究领域功能强大的脚本语言之一,且是开放源码的免费软件。Perl 最初的设计者为拉里•沃尔(Larry Wall),它于1987年12月18日发表。Perl借取了C、sed、awk、shell scripting以及很多其他程序语言的特性。Perl以其无与伦比的文本分析处理能力,被广泛用于从生物医学文献、基因与蛋白质序列、分子空间结构,到生物芯片及生物网络数据的分析与挖掘中,是进行生物信息学研究与开发的利器。
本课程旨在引领来自各专业没有任何编程经验的同学进入Perl编程及应用的大门。希望同学们在学习中体验Perl的简单、易用、灵活与强大,感受Perl编程的文化、思想与魅力,学会如何利用Perl帮助自己开展课题研究。课程将以课堂教学结合上机实践为主要授课方式,及时巩固课堂内容,解答编程疑问。

预修课程

教 材

1.	Randal L. Schwartz. 《Perl语言入门 中文版 第六版》 东南大学出版社

主要内容

一、Linux常有命令介绍以及Perl的安装 (3学时)
了解Linux系统;
学习最常使用到的Linux命令;
如何利用终端命令行执行生物信息学常规项目

二、Perl的安装和基本变量(3学时)
	Perl语言解释器、编辑器安装;
Perl程序运行测试
如何执行Perl程序
变量、字符串赋值、基本运算等练习

三、Perl基本语法结构(3学时)
关系运算符;
	逻辑运算符;
判断结构;
循环结构;

四、Perl数据结构(3学时)
数组概念及用法;
关联数组概念和用法;
Blast数据结果分析和研讨;

五、Perl 中的文件操作与子程序(3学时)
	打开/关闭,读取/写入文件处理;
	文件和目录操作;
	文件测试运算符;
	
六、Perl的正则表达式及生物信息学应用研讨(3学时)
	简单的匹配模式;
	匹配规则;
	贪婪匹配与最小匹配;
	
七、Perl子程序和期末项目研讨(3学时)
	子程序概念;
	子程序应用;
	期末项目研讨

课程考核方式:平时作业(小程序编写)
  期末考核(分小组完成一个项目)

参考文献