Perl编程与生物信息学应用  071001M06001H

学期:2020—2021学年(春)第二学期 | 课程属性:专业研讨课 | 任课教师:焦远年
授课时间: 星期五,第5、6、7 节
授课地点: 学园三257(机房)
授课周次: 7、8、9、10、11、12、13、14、15、16
课程编号: 071001M06001H 课时: 30 学分: 2.00
课程属性: 专业研讨课 主讲教师:焦远年 助教:易欣
英文名称: Perl programing and applied bioinformatics 召集人:

教学目的、要求

这个课程的目的是让生物信息学方向初学者了解Perl语言编程及其在生物信息学领域的应用。生物信息学是一个集成了生物学、数学和计算机科学的新兴学科,而Perl语言是一种在生物信息学研究领域功能强大的脚本语言之一,且是开放源码的免费软件。Perl 最初的设计者为拉里?沃尔(Larry Wall),它于1987年12月18日发表。Perl借取了C、sed、awk、shell scripting以及很多其他程序语言的特性。Perl以其无与伦比的文本分析处理能力,被广泛用于从生物医学文献、基因与蛋白质序列、分子空间结构,到生物芯片及生物网络数据的分析与挖掘中,是进行生物信息学研究与开发的利器。
本课程旨在引领来自各专业没有任何编程经验的同学进入Perl编程及应用的大门。希望同学们在学习中体验Perl的简单、易用、灵活与强大,感受Perl编程的文化、思想与魅力,学会如何利用Perl帮助自己开展课题研究。课程将以课堂教学结合上机实践为主要授课方式,及时巩固课堂内容,解答编程疑问。

预修课程

教 材

1.	Randal L. Schwartz. 《Perl语言入门 中文版 第六版》 东南大学出版社

主要内容

一、Linux常有命令介绍(3学时) 
了解Linux系统; 
学习最常使用到的Linux命令; 
二、Linux下常用软件介绍 (3学时)
Linux常规软件安装;
如何利用终端命令行执行Blast等分析;

三、Perl的安装和执行(3学时) 
Perl语言解释器、编辑器介绍; 
Perl程序运行测试; 
如何执行Perl程序;
四、 Perl变量介绍(3学时)
标量变量、数组变量、哈希数组;
字符串赋值;
基本运算等练习 

五、Perl基本语法结构(3学时) 
关系运算符; 
逻辑运算符; 
判断结构; 
循环结构; 

六、Perl数据结构(3学时) 
数组概念及用法; 
关联数组概念和用法; 
Blast数据结果分析和研讨; 

七、Perl 中的文件操作与子程序(3学时) 
打开/关闭,读取/写入文件处理; 
文件和目录操作; 
文件测试运算符; 

八、Perl的正则表达式(3学时) 
简单的匹配模式; 
匹配规则; 
贪婪匹配与最小匹配; 

九、Perl子程序和及生物信息学应用研讨(3学时) 
子程序概念; 
子程序应用; 
生物信息学项目研讨; 

十、期末项目(3学时)
期末项目介绍;
课堂开卷考试

课程考核方式:
平时作业(小程序编写) 
期末考核(完成一个项目)

参考文献

1.	Randal L. Schwartz. 《Perl语言入门 中文版 第六版》 东南大学出版社