教务部是国科大负责研究生教学工作的管理与服务部门。主要负责:教学规章制度的制定,研究生课程体系建设,教学与课程管理,教学监督与质量评估,优秀课程评选,研究生成绩管理,教育教学信息化建设及MOOC课程管理,科教融合学院评估,岗位教师与兼职教授的聘任与管理,奖教金及优秀教师(教育工作者)评选,优秀课程评选,教材管理,教学委员会的日常工作等。下设教务办公室、教材出版中心。